一、发票勾选“部分抵扣”，填报数据要谨慎
勾选为“部分抵扣”的发票，该所属期申报缴税后不可以再次选择抵扣。
登录增值税发票综合服务平台，点击抵扣勾选---发票抵扣勾选，设定查询条件后，点击“查询”。查询出可勾选发票信息后，选中“未勾选”状态发票，系统会将有效税额转变为可编辑状态，系统默认的有效税额为发票税额，操作人员根据自身实际经营情况判断是否修改并输入实际发生的有效税额，输入的有效税额大于零但小于或等于发票税额，该张发票的剩余税额（税额-有效税额）则自动构成不抵扣，无需在“发票不抵扣勾选”界面勾选。
请注意：差额部分将不可继续勾选为其他用途，所以判断是否修改金额，修改后填报多少金额，必须要特别谨慎！
二、发票勾选“不抵扣”要考虑清楚
勾选为“不抵扣”的发票，该所属期申报缴税后不可以再次选择抵扣。
登录增值税发票综合服务平台，点击抵扣勾选---发票不抵扣勾选，设定查询条件后，点击“查询”。该功能操作界面与发票抵扣勾选界面基本一致，查询出不抵扣勾选的发票清单后，在“不抵扣勾选”区域勾选出不抵扣发票信息后，提交确认不抵扣发票信息。
请注意：对于勾选为不抵扣的发票，默认是全额不抵扣；选择确认了不抵扣发票后，申报期结束该所属期缴税，那么这张发票的用途就不能再被改变了，以后也不能重新被抵扣勾选。
三、大厅扫描认证的发票，还要再次进行签名确认，否则将无法抵扣
增值税发票管理系统2.0升级上线后，所有的增值税一般纳税人取得专用发票，即使已经在大厅扫描认证成功，但是没有在增值税发票综合服务平台签名确认的，还是无法作为当期的进项抵扣，需要登陆增值税发票综合服务平台进行签名确认后，方可抵扣。
原先的大厅扫描认证方式，其实只是将发票信息采集到了平台。
四、“确认签名”功能仅在申报期内开放
确认签名”功能仅在申报期内开放，确认签名和撤销签名支持多次操作。如纳税人因注销税务登记，需要提前申报抵扣的，可使用“注销勾选”功能提前进行确认签名。
政策的变动和系统的不断升级都是为了企业更好的发展，企业也可以多加留心，尽可能通过合理合规的方法帮助企业降低税负，刺激企业发展的活力！